El debido proceso es un derecho de rango superior que busca la protección de las garantías que instituye el ordenamiento jurídico a favor de quienes se ven llamados a hacer parte de una actuación judicial o administrativa. En efecto, el proceso disciplinario es un trámite de naturaleza administrativa, por lo que las partes que en él intervienen se encuentran provistas de tales amparos a lo largo de todas sus etapas. La presunción de inocencia, garantía sustancial inherente al debido proceso, se encuentra prevista en el artículo 9 de la Ley 734 de 2002. El principio de in dubio pro disciplinado señala que toda duda razonable que se presente en el proceso debe resolverse en favor del investigado cuando no haya modo de eliminarla. Sobre el particular la Corte Constitucional ha sostenido que El "in dubio pro disciplinado", al igual que el "in dubio pro reo" emana de la presunción de inocencia, pues esta implica un juicio en lo que atañe a las pruebas y la obligación de dar un tratamiento especial al procesado. En concordancia con lo anterior, el artículo 142 del CDU señala que, la sanción proferida sin que las pruebas recaudadas lleven a la convicción que exige la disposición en comento, resulta en una flagrante violación del debido proceso por desconocimiento a la presunción de inocencia

En firme quedó la destitución e inhabilidad de 10 años que el Ministerio del Trabajo le impuso a un servidor que pidió dinero a una mujer para tramitar un recurso que esta interpuso contra la empresa en la cual trabajaba. El proceso disciplinario contra el demandante se inició a raíz de una queja. El Consejo de Estado negó las pretensiones de la demanda. Sostuvo que el pliego de cargos fue claro y preciso y que, pese a que en él se hizo mención una falta disciplinaria que no correspondía, ello no le impidió al procesado el ejercicio de la defensa. El fallo advierte también que el hecho de que el exfuncionario no haya contado con la asistencia de una defensa técnica al momento de rendir versión libre tampoco constituye una irregularidad, pues el proceso disciplinario la defensa técnica es prescindible. Para la alta corte, las pruebas demuestran que la conducta se adecuó a la falta que se le endilgó, consistente en la utilización de su cargo para solicitar un dinero de manera indebida, que no tenía ningún título válido

Presunción de inocencia. La garantía del debido proceso, no consiste solamente en las posibilidades de defensa o en la oportunidad para interponer recursos, sino que además, exige como lo expresa el artículo 29 de la Constitución Política, el ajuste a las normas preexistentes al acto que se imputa; la competencia de la autoridad judicial o administrativa que orienta el proceso; la aplicación del principio de favorabilidad en materia disciplinaria; el derecho a una resolución que defina las cuestiones jurídicas planteadas sin dilaciones injustificadas; la ocasión de presentar pruebas y de controvertir las que se alleguen en contra y, desde luego, la plena observancia de las formas propias de cada proceso según sus características. La presunción de inocencia acompaña al investigado desde el inicio de la actuación disciplinaria hasta tanto el fallo definitivo y ejecutoriado determine la responsabilidad del referido, así mismo, exige para ser desvirtuada la convicción o certeza, más allá de una duda razonable, basada en el material probatorio que establezca los elementos del deber funcional y la conexión del mismo con el acusado. Esto es así, porque ante la duda en la realización del hecho y en la culpabilidad del agente, se debe aplicar el principio de que toda duda debe resolverse en favor del acusado

La acción disciplinaria tiene como finalidad garantizar que el servidor público actúe buscando el buen funcionamiento de la administración pública, entre tanto, en materia penal el objeto es proteger la convivencia social, con intereses jurídicos diferentes y fuentes normativas de la responsabilidad disímiles. La facultad disciplinaria es reglada, esto significa que para ejercerla el operador está sometido a los procedimientos que prevé el legislador, para este caso la Ley 734 de 2002, debiendo motivar suficientemente con fundamentos de hecho y jurídicos que le permitan tener la seguridad sobre la responsabilidad disciplinaria, y en ese sentido desvirtuar la presunción de inocencia del disciplinado, ejecutando en estricto sentido el mandato de la ley. Se habla de facultad discrecional cuando el legislador le otorga al funcionario administrativo que toma una determinación la libertad de apreciar los hechos y de conformidad con su criterio adoptar la decisión que considere conveniente para mejorar la prestación del servicio público. Sin embargo, estas decisiones deben ser adecuadas a los fines de la norma que autoriza su ejercicio y proporcional a los hechos que le sirvieron de causa (artículo 36 del Código Contencioso Administrativo)